興趣小組活動(dòng)總結(jié)

興趣小組活動(dòng)總結(jié)

研究小組成員：葉濤、梅坤榮、高冠男、殷毅、葉瑞強(qiáng)、林瓏輔導(dǎo)老師：杜立林博士、朱冰博士、戚益軍博士、馬力耕博士

一引子

基因組學(xué)課程期末考試的最后一道論述題，是“請根據(jù)自己的理解，總結(jié)基因組非編碼區(qū)可能的功能”，。當(dāng)時(shí)回憶起Watson主編的《MolecularBiologyoftheGene》中說，3200Mb人類基因組里，除了48Mb是基因外，還有intron、UTR、pseudogene、microsatellite、transposon以及編碼miRNA的序列，便如是作答。這道題，引起了我對基因組非編碼區(qū)功能的極大興趣：為什么物種越往高等進(jìn)化，基因組非編碼序列的比例就越高？為什么僅僅兩萬八千左右個(gè)基因，就能決定人類作為萬物之靈長的地位，可這個(gè)數(shù)目并不比果蠅多多少��？什么決定了人類的智力，關(guān)鍵在于基因序列還是所謂的“junkDNA”？玉米的基因組比水稻大很多，但也未見得玉米就比水稻高等，那么是什么決定了基因組的大小呢？這些問題時(shí)常浮現(xiàn)在我腦中，正好借曉東所長提出的“興趣小組”活動(dòng)，通過跟組員的討論、與PI的交流，希望產(chǎn)生一些思維碰撞的靈感。

這一系列文章，是我對“興趣小組”活動(dòng)的全面總結(jié)，一部分是流水賬般的記敘小組討論，一部分是跟PI討論的收獲，還有一些是我們自己mentalexercise的過程，包括提出的假設(shè)、可能的實(shí)驗(yàn)手段和存在的瓶頸，最后是組員的一些感想。

值得一提的是，雖然我們小組人數(shù)不多，但指導(dǎo)老師是最多的，這給我們提供了更多與PI交流的機(jī)會(huì)。

最后說明一下，我們所說的“non-codingDNA”，是指不編碼蛋白的基因組DNA序列。

二組員和最初的幾次討論我們小組的題目是“基因組非編碼序列的功能”，先描述一下各位組員吧。

梅坤榮，華科生物信息專業(yè)。我覺得她最強(qiáng)的地方是，不論組員之間意見多么分歧，抑或是思路不太清晰，她都能幫我們理清頭緒，首先做什么，接著做什么，并提出大家都容易接受的方案。

高冠男，山東大學(xué)，一個(gè)說話聲音不大的女生，對non-codingDNA在個(gè)體發(fā)育中的調(diào)控作用十分感興趣。記得每次討論的時(shí)候，都很認(rèn)真的記筆記，提出的問題往往能反映出她活躍的思考。

殷毅，北師大，在以前的實(shí)驗(yàn)室做了一年關(guān)于microRNA的實(shí)驗(yàn)訓(xùn)練，相當(dāng)能提問，從她的提問中，能感覺出她讀過各個(gè)方面的論文，有很廣泛的知識(shí)背景，此外對非編碼區(qū)編碼的microRNA很感興趣。

葉瑞強(qiáng)，武漢大學(xué)。人稱“小強(qiáng)”，一個(gè)相當(dāng)粗獷的山東漢子，對自己的人生道路有很明確的把握，他永遠(yuǎn)不會(huì)拒絕需要幫助的人。他的實(shí)驗(yàn)經(jīng)歷很豐富，是能花100%精力做好一件事的人。此外，籃球、乒乓球、排球他樣樣精通，要打球，找他準(zhǔn)沒錯(cuò)。

林瓏，安徽大學(xué)。說話語速挺快，做事很有熱情的女生。

最初的幾次，主要討論了從什么角度研究non-codingDNA，有人希望把精力主要放在non-codingDNA的進(jìn)化問題上，還有人提議把焦點(diǎn)集中在non-codingRNA上，也有人提議將non-codingDNA分為衛(wèi)星\/微衛(wèi)星序列、轉(zhuǎn)座子、假基因、內(nèi)含子等不同特點(diǎn)的類別進(jìn)行討論�？傊�，沒有統(tǒng)一的意見，我們決定找指導(dǎo)老師討論后，再做決定。

三與PI的討論

杜立林老師的研究方向主要是，以裂殖酵母為實(shí)驗(yàn)材料研究DNA雙鏈斷裂。他向我們介紹了“TheENCODEProject”，難以置信的是，研究表明整個(gè)基因組，包括DNA的兩條鏈，都會(huì)被轉(zhuǎn)錄。他還提到，河豚的全基因組測序并不是因?yàn)樽鳛槟Ｊ缴�物來研究，而是因�(yàn)樗�比其他脊椎�?dòng)物基因組小很多，所謂的“垃圾DNA”很少，可能成為研究如何在含較少non-codingDNA情況下，基因組是如何復(fù)制的模型。他讓我們意識(shí)到，基因組不同層次的包裝，似乎也存在著某種密碼，例如某些位置相對固定的核小體所需的核小體定位信號。他同時(shí)提到了一個(gè)新的概念“染色體脆性位點(diǎn)”，實(shí)際上脆性位點(diǎn)會(huì)在正常條件下發(fā)生雙鏈斷裂，造成基因組的不穩(wěn)定性。那么為什么經(jīng)過長期的進(jìn)化，這些位點(diǎn)沒有經(jīng)過選擇壓力被淘汰呢？杜立林老師認(rèn)為，同一段序列可能需要同時(shí)執(zhí)行多種功能，為了執(zhí)行某些更重要的功能，這些位點(diǎn)必須同時(shí)具有“脆性”。我們從馬力耕老師體會(huì)了用分類的方法、進(jìn)化的思想，研究問題的思路；從戚益軍老師了解到，可以用研究一個(gè)基因的方法來研究microRNA的功能；從朱冰老師很多“搞笑”的故事中，想象了基因組在細(xì)胞核中可能存在的三維空間結(jié)構(gòu)。

這些討論，讓我們逐漸認(rèn)識(shí)到基因組提供的是多維的信息，除了已知層面的信息外，基因組還具有很多隱含的信息，鑒于高等生物基因組中90%以上由non-codingDNA組成，或許這些隱含信息正是蘊(yùn)含在貌似“垃圾”的non-codingDNA中的。

四我們的一些設(shè)想

首先，我們把基因組的信息分為了三個(gè)層次：隱含信息、序列水平的信息、調(diào)控水平的信息。隱含信息包括核小體定位信號等蘊(yùn)含著決定基因組高級結(jié)構(gòu)的信息中，我們幾乎可以肯定這種信息的存在，但我們對這些信息的表現(xiàn)形式不太明了，這主要受實(shí)驗(yàn)條件的限制。序列水平的信息，包括例如染色體脆性位點(diǎn)等具有序列和位置特異性的位點(diǎn)。調(diào)控水平的信息主要包括各種non-codingRNA的調(diào)控作用。

我們有兩個(gè)很初步的設(shè)想：

（一）核小體定位信號作為選擇壓力的基因組大小決定：

基因組就像是一個(gè)巨大的圖書館，大約每200bp一個(gè)核小體，因此核小體就像是一種標(biāo)簽。部分核小體的位置是相對固定的，這些核小體定位信號就存在與基因組中。為了解釋同一進(jìn)化水平生物基因組大小的差異，例如為什么玉米比水稻基因組大很多，我們選擇核小體定位信號作為一種選擇壓力，當(dāng)基因組序列不足以提供所有需要定位的核小體信號時(shí)，基因組功能便不能得到有效執(zhí)行，具有進(jìn)化上的劣勢，將在進(jìn)化過程中被淘汰。在這種時(shí)候，有兩種選擇，一是基因組的擴(kuò)大，以滿足所需的核小體定位信息，可能當(dāng)DNA序列增加時(shí)，用來定義基因組空間結(jié)構(gòu)的保守位置核小體數(shù)目增加，于是進(jìn)入的一種選擇趨于增大的基因組的進(jìn)化方向；另一種選擇是基因組的縮小，通過減少DNA序列，減少對保守位置核小體的需求，進(jìn)入一種選擇趨于減小的基因組的進(jìn)化方向。最終，達(dá)到基因組大小與核小體定位所需信息的一種平衡。這個(gè)設(shè)想，其實(shí)是基于基因組信息并不是隨大小的增加而線性增加的，于是存在了多個(gè)基因組信息與基因組大小的平衡狀態(tài)。

對于這個(gè)進(jìn)化上的設(shè)想，難以找到可行的試驗(yàn)方法進(jìn)行驗(yàn)證，只能做“理想實(shí)驗(yàn)”，從邏輯上考察其合理性。

（二）染色體的程序性斷裂：

基因組的斷裂對細(xì)胞具有很大危害，而且對細(xì)胞來說，染色體特定位點(diǎn)的斷裂比隨機(jī)斷裂更加具有可控性。我們的設(shè)想是細(xì)胞存在一種機(jī)制介導(dǎo)染色體程序性斷裂。由于從酵母到人，都具有染色體脆性位點(diǎn)，我們推測染色體程序性斷裂的機(jī)制可能是保守的，因此選擇便于培養(yǎng)、生長快速、容易觀察的裂殖酵母為實(shí)驗(yàn)材料。將含有已知脆性位點(diǎn)的序列和熒光報(bào)告基因整合到酵母基因組合適區(qū)域，當(dāng)脆性位點(diǎn)發(fā)生斷裂，顯微鏡下將觀察到酵母發(fā)出熒光。我們預(yù)計(jì)野生型酵母，脆性位點(diǎn)自發(fā)斷裂具有較穩(wěn)定的斷裂幾率。誘變劑處理酵母，在不同環(huán)境壓力和化合物處理?xiàng)l件下，篩選脆性位點(diǎn)自發(fā)斷裂顯著降低的突變體，定位發(fā)生突變的DNA區(qū)域，如果編碼一種蛋白，可使用免疫共沉淀等研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用的方法找到可能存在的介導(dǎo)染色體程序性斷裂的復(fù)合物中的其他組分。

五小組成員活動(dòng)感想

高冠男：多年來,研究者們對人類基因組的關(guān)注主要集中在編碼蛋白質(zhì)的基因和蛋白質(zhì)本身。隨著人類基因組計(jì)劃的完成和哺乳類轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的不斷積累,揭示出人類和其他高級真核生物的遺傳物質(zhì)只有極小一部分編碼蛋白質(zhì),而超過97的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物是功能多樣的RNA分子,即非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)。

絕大部分非編碼序列以高度重復(fù)序列的形式存在,如衛(wèi)星、小衛(wèi)星、微衛(wèi)星、長散布元件、短散布元件等;內(nèi)含子、3"不譯區(qū)作為結(jié)構(gòu)基因的一部分被一同轉(zhuǎn)錄;RNA基因轉(zhuǎn)錄具有明確功能的RNA分子;順式作用元件是目前已知的具有重要調(diào)控功能的非編碼序列;非編碼序列的存在與真核生物基因表達(dá)調(diào)控密切相關(guān);目前非編碼序列的研究已引起廣泛的科學(xué)關(guān)注,利用數(shù)理方法研究其遺傳信息的儲(chǔ)存方式及運(yùn)作規(guī)律是十分重要的研究領(lǐng)域。非編碼序列的起源問題是一個(gè)引起眾多關(guān)注的問題。關(guān)于這一問題有著很多不同的猜測，如病毒起源和基因duplication起源等，但是并沒有得到明確的證據(jù)。對于是怎樣一個(gè)過程造成了這些可能是外源或者內(nèi)源的插入的多余基因變成了有用的基因。如串聯(lián)重復(fù)序列是指1～200個(gè)堿基左右的核心重復(fù)單位,以頭尾相串聯(lián)的方式重復(fù)多次所組成的重復(fù)序列。它廣泛存在于真核生物和一些原核生物的基因組中,并表現(xiàn)出種屬、堿基組成等的特異性。在基因組整體水平上,各種優(yōu)勢的重復(fù)序列類型不同。即使在同一重復(fù)序列類型內(nèi)部,不同重復(fù)拷貝類別(如AT、AC等)在基因組中的存在也表現(xiàn)出很大的差異。同時(shí),這些重復(fù)序列類型和各重復(fù)拷貝類別在同一物種的不同染色體間,以及基因的編碼區(qū)和非編碼區(qū)間也表現(xiàn)種屬和堿基組成差異。這些差異顯示了重復(fù)序列起源和進(jìn)化的復(fù)雜性,可能涉及到多種機(jī)制和因素,并與生物功能密切相關(guān)。

通過序列保守性的比對與功能分析，發(fā)現(xiàn)保守性與功能的重要性無關(guān)，在序列上不保守的區(qū)域可能會(huì)有著相同的功能，這些功能可能是非常重要的�；�因組的大部分都會(huì)被轉(zhuǎn)錄為RNA，但是相當(dāng)?shù)牟糠洲D(zhuǎn)錄水平很低，但是不能排除這些轉(zhuǎn)錄子都是有功能的。

生物信息學(xué)與計(jì)算機(jī)應(yīng)用在這一領(lǐng)域起到了重大作用，但是很遺憾缺乏這方面的人才。我們通過討論發(fā)現(xiàn)，興趣很好找，但是一旦想要從興趣中挖掘出一個(gè)切實(shí)可行的project確實(shí)是難上加難。要從兩個(gè)方面考慮，第一是是否有研究意義，這決定了是否能申請到足夠的經(jīng)費(fèi)。另一方面是從本身的可實(shí)施性考慮，是否能夠在實(shí)驗(yàn)室的條件下解決。兩者缺少了哪一個(gè)都會(huì)使這一目標(biāo)成為失敗的。

葉瑞強(qiáng)：

非編碼序列，即所謂的有功能蛋白質(zhì)的ＤＮＡ序列。現(xiàn)在已經(jīng)有越來越多的人認(rèn)同它們不是，或者不僅僅是我們曾經(jīng)認(rèn)為的“ＪＵＮＫＤＮＡ”的觀點(diǎn)。垃圾可以理解為“無用的”，人類基因組工程確定了大約兩千多個(gè)與蛋白質(zhì)制造有關(guān)的基因，而其余的基因片段被認(rèn)為是由所謂的沒有功能的“垃圾”DNA片段組成的。我認(rèn)為造成這種觀點(diǎn)的原因主要有三個(gè)：第一，非編碼序列有很多都是重復(fù)的、冗余的、結(jié)構(gòu)簡單的等特征，很難將它們和復(fù)雜的功能聯(lián)系到一起；第二，由于當(dāng)時(shí)研究水平的限制，沒有確切的證據(jù)能夠表明它是有用的；第三，因?yàn)閹缀跛�有具體的生理機(jī)能都要由蛋白質(zhì)來完成，所以認(rèn)為不編碼蛋白質(zhì)的DNA應(yīng)該是沒有用的也是正常的。但是，現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了很多非編碼區(qū)域內(nèi)的調(diào)控序列，它們能幫助基因開啟和關(guān)閉以調(diào)控基因的表達(dá)，于是涌現(xiàn)了很多如操縱子、增強(qiáng)子，絕緣子等新的概念，當(dāng)然也包括目前研究的比較火熱的miRNA，這些發(fā)現(xiàn)可以基本排除完全否定非編碼序列的觀點(diǎn)。同時(shí)非編碼區(qū)數(shù)據(jù)龐大，序列類型復(fù)雜，因而可能具有多種信息功能，目前發(fā)現(xiàn)了其中的一些功能信息，比如提供了生物進(jìn)化的物質(zhì)基礎(chǔ)；而且作為一種“活躍分子”改變著基因組整體GC含量；為中期染色體帶型提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)，例如CpG島、DNA環(huán)、GR帶型為主的基質(zhì)附著位點(diǎn)，揭示了非編碼DNA是如何形成染色體結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)。所以就目前的發(fā)現(xiàn)來看，這些非編碼序列不是垃圾信息，很可能對于生物的進(jìn)化，發(fā)育調(diào)控有重要的功能。但是，我們也不能排除存在完全的垃圾信息的可能性！對于這個(gè)問題的解釋，我們可以從進(jìn)化的觀點(diǎn)來考慮，從微生物中，非編碼區(qū)只占整個(gè)基因組序列的10%20％；到高等生物和人類基因組中，非編碼序列則占了基因組序列的絕大部分，我們可以用達(dá)爾文的自然選擇學(xué)說來解釋這些非編碼序列存在的價(jià)值，但是我們同時(shí)也通過木村資生的中性理論證明存在垃圾信息的可能性，這兩種理論都有他們存在的價(jià)值和依據(jù)，所以我認(rèn)為應(yīng)該綜合他們的觀點(diǎn)來看問題！對非編碼序列的來源可以提出了多種解釋，比如有一部分來自病毒或者轉(zhuǎn)座子，它們插入基因組中，并跳來跳去大量復(fù)制。還有一些垃圾DNA可能是死亡基因的遺骸，被稱為“假基因”。它們原本是編碼蛋白質(zhì)的真基因，由于發(fā)生變異而失去功能被棄之不用。它們的序列與真基因非常相似，但有著細(xì)微差別，正是這些差別使假基因不能編碼蛋白質(zhì)。去掉假基因不會(huì)影響有機(jī)體的功能,偶爾某個(gè)假基因發(fā)生變化、死而復(fù)生倒可能造成麻煩。由于假基因的存在不增加或減少生物的生存優(yōu)勢，所以進(jìn)化過程很難把它們從基因組里清除出去。也有一些可能是由于復(fù)制錯(cuò)誤，發(fā)生滑動(dòng)或者序列發(fā)生duplication等造成。淡然這些大部分是根據(jù)已有的現(xiàn)象和理論的猜測，很難設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)去證明這些問題。

對于非編碼序列研究的方法，很大程度上要借助于生物信息學(xué)。通過對已有序列的分析、比對來獲得非編碼序列的特征、數(shù)目和分布等，從而進(jìn)一步分析它們的功能。這也是目前比較常用的方法，通常根據(jù)序列的保守性來分析功能的重要性。這方面的進(jìn)步不僅需要計(jì)算機(jī)學(xué)家不斷開發(fā)新的算法，更需要生物學(xué)家對非編碼序列進(jìn)行更深層次的研究。另外，套用編碼序列的研究方法，對于非編碼序列進(jìn)行“敲出”來研究表型的變化，這在201*的SCIENCE中有過報(bào)道，他們刪除了小鼠基因組中超過100萬個(gè)堿基對的非編碼DNA（約占鼠基因組的1％），但并沒有對這些小鼠的發(fā)育、壽命和繁殖造成可察覺的影響，或許也可以通過同源重組等方式來替換基因組的非編碼序列來研究。但這些方法很難進(jìn)行較深層次的研究，這也是限制這項(xiàng)領(lǐng)域發(fā)展的最大瓶頸。我們需要一個(gè)新的實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)，也需要新的試驗(yàn)方法！所以要真正研究清楚非編碼序列，我們還有很長的路要走！

最后我想談一點(diǎn)關(guān)于這樣一次活動(dòng)的感受，雖然王所可能對我們的期望很高，希望我們可能通過交流突破某一問題，但我想他更希望我們注重的是過程而不是結(jié)果，通過和PI交流，與興趣相投的同學(xué)交流，查閱文獻(xiàn)，思考問題，我們收獲了很多。我想只要認(rèn)真的參與了這樣一次活動(dòng)，無論結(jié)果如何，都將使我們受益匪淺！

擴(kuò)展閱讀：足球興趣小組活動(dòng)總結(jié)

足球興趣小組總結(jié)

教師：譚

學(xué)校根據(jù)課改要求，并結(jié)合學(xué)校的實(shí)際情況，開展了特色各異的興趣小組，豐富了學(xué)生們的學(xué)習(xí)生活，培養(yǎng)了學(xué)生的特長，起到了很好的促進(jìn)作用。本人承擔(dān)足球興趣小組的組織與輔導(dǎo)工作。在過去的工作中積累了一些經(jīng)驗(yàn)，下面就興趣小組活動(dòng)情況、教學(xué)組織措施、經(jīng)驗(yàn)與提高措施等三方面進(jìn)行總結(jié)。一、興趣小組基本情況

根據(jù)學(xué)生自愿報(bào)名原則，一共有24名學(xué)生參加本小組，興趣小組共開展了15次教學(xué)活動(dòng)。二、經(jīng)驗(yàn)總結(jié)

經(jīng)過本學(xué)期的興趣班活動(dòng)，本人總結(jié)出下列經(jīng)驗(yàn)：、學(xué)習(xí)興趣是學(xué)生基于自己的學(xué)習(xí)需要而表現(xiàn)出來的認(rèn)識(shí)傾向，它是學(xué)好一門學(xué)問的內(nèi)在驅(qū)動(dòng)力。在教學(xué)內(nèi)容的設(shè)計(jì)上要充分照顧到學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣，要選擇一些學(xué)生比較喜歡、容易產(chǎn)生興趣的內(nèi)容，這樣做，有利于學(xué)生的掌握和主動(dòng)學(xué)習(xí)的力度。、注重實(shí)戰(zhàn)能力的培養(yǎng)，使學(xué)習(xí)興趣持久不熄。足球是一門實(shí)踐操作極強(qiáng)的學(xué)科，學(xué)生們的年齡偏小，都是小學(xué)的學(xué)生，對足球了解得甚少，只是感性的喜歡而已。從這點(diǎn)出發(fā)，結(jié)合我對這些孩子理解能力和學(xué)習(xí)能力的分析，我決定本次興趣小組的學(xué)習(xí)重點(diǎn)應(yīng)放在基本動(dòng)作的練習(xí)和良好踢球習(xí)慣的培養(yǎng)上。為了能有效激發(fā)學(xué)生們的學(xué)習(xí)積極性和主動(dòng)性，變感性的喜歡為理性的追求，我在開學(xué)前搜集了很多有關(guān)足球運(yùn)動(dòng)視頻文件，在前兩節(jié)課上集中欣賞，已達(dá)到直觀教學(xué)提高學(xué)生積極性的目的。通過后面的學(xué)習(xí)過程可知這種方式取得了良好的效果。、發(fā)揮“小老師”的作用，激發(fā)學(xué)習(xí)興趣。在實(shí)踐中，教師由于各種原因不能兼顧到每一位學(xué)生，這時(shí)可以讓一部分能力較強(qiáng)的學(xué)生充當(dāng)“小老師”，對其他同學(xué)遇到的一些難題給予解答，互幫互助，共同學(xué)習(xí)。學(xué)生當(dāng)“小老師”改變了傳統(tǒng)的師生間單向傳遞知識(shí)的方式，使學(xué)生由知識(shí)的被動(dòng)接受轉(zhuǎn)變?yōu)橹�識(shí)的傳授者，發(fā)揮了學(xué)生的主體作用。三、存在的問題與改進(jìn)措施

在興趣小組的活動(dòng)開展活動(dòng)中，我們也遇到了一些困難。首先是學(xué)生的自制力問題，低年級學(xué)生的自制力較差，學(xué)生在活動(dòng)時(shí)，總有部分自制力較差的學(xué)生借機(jī)會(huì)注意力不集中，既影響自己有影響了其他同學(xué)的學(xué)習(xí)。學(xué)生視野不開闊，這主要表現(xiàn)在不善于溝通，大局觀、團(tuán)隊(duì)精神和協(xié)調(diào)能力不強(qiáng)。

因此，對于今后的興趣班活動(dòng)，我打算從以下幾個(gè)方面提高興趣小組活動(dòng)質(zhì)量：、加強(qiáng)管理。通過從技術(shù)上和管理制度上約束學(xué)生自由行為，對不服從管教并且屢教不改的成員進(jìn)行“小懲罰”，可以給他們布置一個(gè)額外的小任務(wù)。、開展豐富多彩的活動(dòng)，從各方面激發(fā)學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣，全面提高學(xué)生的學(xué)習(xí)能力。

總之，興趣小組的明天會(huì)更好，我會(huì)繼續(xù)努力，把興趣小組辦的更加有特色，更加的有個(gè)性。

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